Історія створення і розвитку ліцею починається в 1923 році. Згідно з наказом №16 по Нижньо-Дніпровському лінійному відділу Південного округу доріг сповіщання була організована школа учнівства на водному транспорті.

    Відкриття школи відбулося 17 січня 1923 року. До першого класу було прийнято 46 чоловік, а до другого - 8. Це були учні, які працювали на виробництві, в майстернях державного пароплавства і управління порту. У 1924 році прийняли 30 чоловік до класу юнг і 33 чоловіки до класу судномеханічної спеціальності. Йшла підготовка учнів за спеціальностями суднових машиністів і корпусників - котельників.

    У 1926 році школу учнівства перейменували в школу фабрично-заводського навчання (ФЗН).

    У ці роки було організовано такі кабінети: фізичний, суспільствознавства, креслярський, механічний, такелажная майстерня. Сюди були доставлені старі машини, арматура котла. Все було приведено в порядок силами учнів. У 1926-1927 роках школа мала 96 учнів в чотирьох класах і дванадцять педагогів.

    Указом Президії Верховної Ради СРСР 2 жовтня 1940 року школа ФЗО реорганізована в ремісниче училище № 1 Миколаївського обласного управління Трудових резервів. На період війни училище було переведено в селище Куйбишево Татарської АРСР.

    8 квітня 1950 року ремісничому училищу було присвоєно номер № 7, а 28 березня 1953 року воно стало РУ № 3.
    У 1955 році відповідно до постанови Ради Міністрів СРСР від 2 серпня про реорганізацію ремісничих училищ, училище перейменовано в міське професійне технічне училище № 3, з 1975 року стало технічним училищем № 3, а з 1984 року - середнім професійно - технічним училищем № 3.

    За ці роки учнями було освоєно багато професій: електрогазозварник, корпусники, токар, столяр, ткач, моторист - рульовий, моторист - матрос I класу, електро - радіомонтажник судна, бортпровідник, офіціант - бортпровідник, кухар судновий та інші.

    У 2003 році училище як структурний підрозділ було приєднано до Херсонського морського коледжу і реорганізоване в професійно - морський ліцей Херсонського морського коледжу.

    У 2007 році розпорядженням Кабінету Міністрів України було утворено Вищий навчальний заклад «Херсонський державний морський інститут» та відповідно до наказу Міністерства освіти і науки України від 16.06.2007 р № 500 створено Професійно - морський ліцей Вищого навчального закладу «Херсонський державний морський інститут» як структурний підрозділ.
    Згідно з розпорядженням Кабінету Міністрів України від 15 червня 2011 року №540 була створена Херсонська державна морська академія. Наказом по академії був створений Професійно-морський ліцей Херсонської державної морської академії.

    У ліцеї академії є сучасна матеріально-технічна база для проведення навчально-виробничого та навчально-виховного процесів на високому рівні. Крім 16-и навчальних кабінетів, 8-и лабораторій, 2-х виробничих майстерень, спортивного залу, обладнаних за сучасними вимогами, в навчальний процес введено ще дві лабораторії для підготовки барменів та офіціантів.

    З огляду на сучасні умови розвитку суспільства і потреби ринку праці, з урахуванням побажань базових організацій і підприємств, ліцей академії здійснює підготовку кваліфікованих робітників за суміжними професіями.

    Сьогодні Професійно-морський ліцей Херсонської державної морської академії є першою ланкою ступеневої підготовки кадрів для морського флоту України і виступає базисом створення цілісної системи безперервної освіти майбутніх офіцерів командного складу морських суден.
    Випускники ліцею мають можливість продовжити навчання в Морському коледжі Херсонської державної морської академії за інтегрованими планами і в подальшому отримати повну вищу морську освіту в Академії.