Історія створення та розвитку ліцею починається у 1923 році. Згідно з наказом №16 по Нижньо-Дніпровському лінійному відділу південного округу доріг сповіщання була організована школа учнівства на водному транспорті.

   Відкриття школи відбулося 17 січня 1923 року. До першого класу було прийнято 46 чоловік, а до другого -8. Це були учні, які працювали на виробництві, у майстернях державного пароплавства та управління порту. У 1924 році прийняли 30 чоловік до класу юнг та 33 чоловіки до класу судномеханічної спеціальності. Йшла підготовка учнів за спеціальностями суднових машиністів та корпусників – котельників.

   У 1926 році школу учнівства перейменовано в школу фабрично-заводського навчання (ФЗН).

  У ці роки було організовано такі кабінети: фізичний, суспільствознавства, креслярський, механічний, такелажна майстерня. Сюди було доставлено старі машини, арматура котла. Усе було приведено до ладу силами учнів. У 1926-1927 роках школа мала 96 учнів у чотирьох класах та дванадцять педагогів.

  Згідно з Указом Президіуму Верховної Ради СРСР 2 жовтня 1940 року школа ФЗО реорганізована у ремісниче училище № 1 Миколаївського обласного управління Трудових резервів. На період війни училище було переведено у селище Куйбишево Татарської АРСР.

Лицей

  8 квітня 1950 року ремісничому училищу було присвоєно номер № 7, а 28 березня в 1953 року воно стало РУ № 3.

  У 1955 році відповідно до постанови Ради Міністрів СРСР від 2 серпня про реорганізацію ремісничих училищ, училище перейменовано в міське професійне-технічне училище № 3, з 1975 року стало технічним училищем № 3, а з 1984 року – середнім професійно – технічним училищем № 3.

   За ці роки учнями було освоєно багато професій: електрогазозварник, корпусник, токар, столяр, ткач, моторист – рульовий, моторист – матрос І класу, електро – радіомонтажник судна, бортпровідник, офіціант – бортпровідник, кухар судновий та інші.

   У 2003 році училище в якості структурного підрозділу було приєднано до Херсонського морського коледжу і реорганізовано у Професійно – морський ліцей Херсонського морського коледжу.

Лицей

   У 2007 році розпорядженням Кабінету Міністрів України був утворений Вищий навчальний заклад «Херсонський державний морський інститут» та у відповідності до наказу Міністерства освіти і науки України від 16.06.2007 р. № 500 утворено Професійно – морський ліцей Вищого навчального закладу «Херсонський державний морський інститут» як структурний підрозділ.

   Відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України від 15 червня 2011 року №540 було утворено Херсонську державну морську академію. Наказом по академії було утворено Професійно-морський ліцей Херсонської державної морської академії.